Museum Tsunami ini menyimpan sekitar 416 koleksi. Koleksi tersebut dibagi ke dalam beberapa jenis, yaitu:
- koleksi etnografika,
- koleksi biologika,
- koleksi teknologika,
- koleksi keramonologika,
- koleksi seni rupa,
- koleksi numismatika,
- koleksi geologika,
- koleksi filologika, serta
- koleksi historika13